Z aktów biskupstwa przemyskiego dowiadujemy się, że pierwszy kościół w Klimkówce został konsekrowany przez biskupa przemyskiego Mikołaja  Błażejowskiego w 1453r. W II połowie XVI wieku ówczesny właściciel Klimkówki Zbigniew Sienieński – kasztelan sanocki, po przejściu na kalwinizm, przeznaczył kościół na zbór. Akta biskupstwa z roku 1567 notują „beneficjum od dłuższego czasu wakuje, ponieważ jest zajęte przez heretyków”. Kościół przestał istnieć pod koniec XVI w.

Kolejny, także drewniany kościół wzniesiono na przełomie XVI i XVIIw., z fundacji ówczesnego właściciela Klimkówki Wojciecha Boboli, podkomorzego przemyskiego, który to również wyposażył kościół. Był to skromny drewniany kościółek pod wezwaniem św. Michała Archanioła. Opis z wizytacji biskupa Sierakowskiego, która miała miejsce 13 czerwca 1745r, podaje nam, że wyglądał on następująco: „na zewnątrz obity był gontami, wewnątrz malowany na granatowo. Nad dużymi drzwiami znajdował się drewniany, pomalowany chór. Był on pokryty i podparty słupami. Wchodziło się do niego drewnianymi schodami. Na nim był pozytew szkatulny pięciogłosowy i pozytew o głosach sześciu z bębnem, miechami dwiema. Kościół posiadał sześć okien, w tym trzy z kratami żelaznymi, reszta w ołów oprawne. Sufit był z desek zbudowany i malowany. Posadzka w kościele była kamienna. W kościele było troje drzwi: boczne i główne od zachodu, wykonane z drzewa lipowego zaopatrzone w dwa i trzy zawiasy. Pierwsze główne drzwi były żelazem obite. Przy drzwiach głównych stał słup z kuną żelazną. Niedaleko progu była kropielnica z kamienia. Przed kościołem od strony północnej znajdowała się dzwonnica z drewna obita od wewnątrz tarcicami, a od zewnątrz gontami. Podłoga była drewniana. Na dzwonnicy wisiały trzy dzwony: mały, średni i większy. Wyposażenie kościoła było bogate”. Z tej to świątyni do dzisiaj zachowało się pochodzące w większości z XVIII w. wyposażenie ruchome.

Wokół kościoła w kierunku północnym znajdował się cmentarz otoczony płotem z drewna i gontami obity, wokół którego rosły drzewa. Wejścia na cmentarz od strony południowej i północnej były zamknięte. 11 grudnia 1783r., Józef II wydał dekret cesarski Kancelarii Nadwornej nakazujący zamknięcie w całym państwie wszystkich cmentarzy przykościelnych i wyznaniowych i polecający wydzielenie specjalnych obszarów, na których miały być lokalizowane nowe cmentarze. 21 stycznia 1784r. Gubernium Galicyjskie opublikowało dekret, a 9 września 1784r. weszło w życie rozporządzenie mówiące o karach za nieprzestrzeganie prawa. Można więc przypuszczać, że przykościelny cmentarz istniał do tego czasu.

W 1854r. kościół rozebrano, a na jego miejsce wzniesiono obecny, za staraniem ówczesnego proboszcza ks. Piotra Burdy. Budowniczym świątyni był miejscowy majster Florian Wais. Kolatorem kościoła był ówczesny właściciel Klimkówki, Józef Ostaszewski. Jego konsekracja miała miejsce dopiero 5 czerwca 1869r. i dokonał jej Biskup przemyski Antoni Józef Monastyrski.

Kościół drewniany na podmurówce z dzikiego kamienia. Ściany w konstrukcji zrębowej, szalowane gontami. Od wschodu do kościoła przylega murowana zakrystia wybudowana w 1876r., a od północy wieża konstrukcji słupowej, w dolnej części szalowana deskami. Jednonawowy, prezbiterium na rzucie prostokąta od południa zamknięte trójbocznie.

Podczas restauracji kościoła w 1898r. wymieniono pokrycie dachu i wieży z gontu na blachę. W 1906r. rozbudowano przyziemie wieży tworząc kruchtę z przedsionkami po bokach oraz dobudowano kruchtę do zachodniej ściany prezbiterium. 

Polichromię w kościele wykonał w 1906r. lwowski artysta malarz Tadeusza Popiel, uczeń Jana Matejki, wykonawca m.in. dekoracji kaplicy św. Stanisława w bazylice Św. Antoniego w Padwie, teatru we Lwowie. Stanowi ona bardzo dobry przykład sztuki z okresu Secesji i jest jedynym przykładem dekoracji secesyjnej, tej klasy, na naszym terenie w drewnianym kościele. Sceny otoczone są bardzo bogatym, stylizowanym ornamentem roślinno – geometrycznym w bardzo żywych nasyconych kolorach. Odpowiednie zgranie farb i wzorów o motywach kwiatów wiejskich działa kojąco i nastraja do modlitwy.

Wyposażenie kościoła o charakterze barokowym, zostało ufundowane przez rodzinę Wojciecha Boboli i jak wspomniano wcześniej, pochodzi z poprzedniego kościoła.

Ołtarz główny datowany jest przez autorów Katalogu Zabytków Sztuki w Polsce na ok. 1700r., odnawiany a latach 1876, 1926 i 2010-2011.  Nastawa ołtarza składa się z komponentów powstałych w różnym okresie i inspirowanych różnymi modami artystycznymi, mimo tego odznacza się harmonijną kompozycją i  prezentuje się jako dzieło o jednolitej wymowie artystycznej. W ołtarzu znajduje się obraz Matki Bożej Niepokalanie Poczętej malowany farbą olejną na płótnie i naklejony na deski zaplecka niszy ołtarza. Bezpośrednio na deskach napis: A.D.1770/79?/ Memento R. Jacobini Wołczański (ówczesny proboszcz Klimkówki). Na zasuwie w ołtarzu mieści się drugi obraz Św. Józefa z Dzieciątkiem Jezus. Po bokach ołtarza dwie drewniane figury: z prawej strony św. Paweł z mieczem, z lewej św. Piotr z kluczami do nieba. Na odwrociu konsoli będącej podstawą figury św. Piotra, widnieje napis: Te figury sprawił L./Z?/ Fajkiel 1886. Z kolei na odwrocie rzeźby św. Pawła widnieje, na przyklejonej kartce, napis: „W czasie wojny 1944 roku zostały zniszczone przez pociski artyleryjskie i zostały odnowione 15.I.19363 roku” i pieczątka „Zbigniew Sieńczak”. Zwieńczenie ołtarza stanowi obraz patrona parafii św. Michała Archanioła. Po jego bokach znajdują się dwa okrągłe obrazy przedstawiające św. Wawrzyńca (lewa strona) i św. Jana Bożego założyciela zakonu bonifratów (prawa strona).

Ołtarz boczny (lewa strona) w środkowej części mieści obraz olejny namalowany w 1859r. przez ks. Jana Zwolińskiego, przedstawiający Matkę Boską Różańcową w koronie na głowie, siedzącą na tronie z Dzieciątkiem na kolanach, otoczoną aniołami wyłaniającymi się zza chmur. Matka Boska adorowana jest przez dwie postacie w strojach zakonnych: po lewej stronie jest to św. Dominik, a po prawej św. Katarzyna z Sieny. Mały Jezus trzyma długi różaniec, którego krzyżyk obejmuje dłońmi św. Dominik. U jego stóp znajduje się mały biało-czarny piesek trzymający rozpaloną pochodnię, którą przykłada do symbolicznie ukazanej kuli ziemskiej. Jest to obraz zasuwkowy zasłaniający rzeźbę Matki Boskiej. W zwieńczeniu ołtarza znajduje się niewielki okrągły obraz olejny, przedstawiajacy świętego męczennika, zakonnika, który w prawej dłoni trzyma liść palmy – symbol męczeństwa. Przyjmuje się, że jest to św. Andrzej Bobola.

Ołtarz boczny (prawa strona) w środkowej części zawiera obraz Najświętszego Serca Pana Jezusa. W tym ołtarzu również znajduje się obraz zasuwkowy, przedstawiający św. Teresę ubraną w karmelitański habit z przystrojonym czerwonymi różami krucyfiksem w lewej dłoni. W górnej części ołtarza mieści się okrągły obraz przedstawiający św. Stanisława Kostkę.

Z poprzedniego kościoła pochodzą również późnobarokowa chrzcielnica, rokokowa ambona (druga połowa XVIII w.), prospekt organowy (połowa XVIII w.).

Najstarszym i najcenniejszym elementem kościoła jest obraz Matki Boskiej Apokaliptycznej z 1529r., malowany na desce temperą. Jest on pozostałością środkowej części (nastawa ołtarzowa) późnogotyckiego tryptyku i stanowi najcenniejszy zabytek późnogotyckiego malarstwa tablicowego na Podkarpaciu.

Obecne dzwony kościelne, konsekrowane 16 grudnia 2020r., noszą imiona: „Totus Tuus”, „Święty Michał Archanioł” i „Święta Boża Rodzicielka”, są już kolejnymi dzwonami. Pierwsze były zarekwirowane przez wojsko w czasie I wojny światowej. Kolejne trzy sprawione w 1921r. zostały ponownie zabrane przez wojsko niemieckie w czasie II wojny światowej, w dniu 9 września 1941r. Na ich miejsce zakupiono dwa dzwony z opuszczonej cerkwi, które w 2000 roku, po sprawieniu trzech nowych, zostały przekazane do innej parafii.

Kościół p.w. Św. Michała Archanioła w Klimkówce stanowi wyraz wiary mieszkańców, świadectwo historii miejscowego kościoła i społeczności z nim związanej, jak również pokazuje zjawiska artystyczne zmieniające się na przestrzeni kilku stuleci.

Galeria